Vapaa-ajattelijain liiton jäsenyhdistysten määrä jatkaa laskuaan. Liiton liittohallitus katsoi kokouksessaan 25.1.2014 Vaasan Vapaa-ajattelijat ry:n (VVA; 56419) eronneeksi liitosta, koska yhdistys ei ollut maksanut liittomaksuja liitolle kolmena peräkkäisenä vuotena (2011-2013). Eronneeksi katsominen perustuu liiton sääntöjen 5 §:n sääntömääräykseen. 

VVA on perustettu 16.5.1949 ja rekisteröity 30.10.1950. Sen jäsenyys liitossa vahvistettiin viimeksi 6.11.2005. Yhdistykseen kuuluu pieni joukko aktiivijäseniä, mutta liittomaksuja yhdistys on tilittänyt vähän, viimeksi kahdelta jäseneltä vuonna 2010. 

Yhdistyksen puheenjohtajana on toiminut ainakin vuodesta 1978 lukien Pentti Suksi. Hän ei murehdi eroa liitosta. Suksi kertoo, ettei liitosta ole enää mitään hyötyä Vaasan yhdistyksen toiminnalle, liiton toimielimet valitaan fasistijunttatyyliin ja hänen viimeksi liitossa kokemansa kohtelu oli muutenkin tylyä ja hyvin epäystävällistä. Liitosta oli tullut talvella joku kirje Vaasan Vapaa-ajattelijoille, mutta Suksi kertoo yhdistyksen palauttaneen sen liittoon avaamattomana. Yhdistys on jo aikaisemmin kertonut, että se on erottanut liiton itsestään; liitto ei ole nauttinut VVA:n luottamusta. Yhdistys jatkaa toimintaansa itsenäisenä. 

Yhdistys ylläpitää yksityistä Kullervon aluehautausmaata Vaasassa (ks. tarkemmin Kullervon aluehautausmaa Vaasassa). Tänä vuonna maalle on tähän mennessä haudattu yksi vainaja. 

Karkkilan Vapaa-ajattelijat ry erosi liitosta viime vuonna 

Edellinen liitosta poistunut yhdistys on Karkkilan Vapaa-ajattelijat ry, joka päätti 6.4.2013 erota liitosta (ks. Karkkilan Vapaa-ajattelijat eroaa Vapaa-ajattelijain liitosta). 

Tätä edeltänyt liiton jäsenmäärän vähennys tapahtui vuonna 2009. Tällöin liiton liittohallitus katson Pohjois-Savon Vapaa-ajattelijat ry:n eronneen liitosta, kun se ei ollut tilittänyt liittomaksuja liitolle kolmena peräkkäisenä vuotena (2006-2008). Pohjois-Savon Vapaa-ajattelijat ry on perustettu Kuopiossa 21.2.2001 ja rekisteröity 3.7.2003. 

Pohjois-Savon Vapaa-ajattelijoita edelsi Pääkaupunkiseudun ateistit ry:n erottaminen liitosta. Yhdistys erotettiin liitosta liittohallituksen päätöksellä 9.12.2006. Asiaa käsiteltiin viimeksi Helsingin hovioikeudessa, joka antoi hylkäävän tuomionsa 6.6.2008 eikä yhdistys hakenut valituslupaa korkeimmalta oikeudelta (ks. tarkemmin Toimintakertomus vuodelta 2008). Pääkaupunkiseudun ateistit ry on perustettu Helsingissä 23.9.1999 ja rekisteröity 22.12.1999. 

Jäsenkadon jälkeen liiton jäsenyhdistysten määrä on nyt 25. Jäsenyhdistyksissä on edelleen tyytymättömyyttä liiton toimintaa kohtaan. Jäsenyhdistysten eroamiset, eronneeksi katsomiset tai erottamiset ovat kaikki edelleen mahdollisia. 

Yllä lueteltiin entisiä liiton jäsenyhdistyksiä. Oman ryhmänsä muodostavat ne vapaa-ajattelija- ja ateistiyhdistykset, jotka eivät koskaan ole olleetkaan Vapaa-ajattelijain liiton jäsenyhdistyksiä. Näistä tunnetuin lienee Suomen Ateistiyhdistys ry. Suomen Ateistiyhdistys perustettiin Lohjalla 16.5.1985 ja rekisteröitiin 29.11.1985 .

Kimmo Sundström