Vapaa-ajattelijain liitto ry:n kotisivulla on luettelo liiton jäsenyhdistyksistä (http://www.vapaa-ajattelijat.fi/jasenyhd.html) yhteystietoineen. Tämä luettelo on ollut puutteellinen ja harhaanjohtava jo kauan.

Huhtikuussa 2004 Pääkaupunkiseudun ateistit ry (PAT) sai liiton toiminnanjohtaja Paula Vasamalta paksun pumakan, johon oli merkitty kaikkiaan 30 kohtaa, jotka liitto tahtoi sensuroida PAT:n kotisivulta. Merkinnät oli tehnyt maaliskuun lopussa silloinen liiton pääsihteeri Juha Kukkonen. PAT:n saamassa kirjeessä väitettiin, että PAT:n kotisivulla olisi "perättömiä väitteitä" ja että siellä olisi liiton "johtoon kohdistuvia loukkauksia". Liitto ei perustellut väitettään millään tavalla.

Sekä poliisi että syyttäjä ovat aiemmin Juha Kukkosen toiminnan seurauksena tutkineet PAT:n kotisivut. Mitään moitetta ei ole tullut.

Kun PAT ei reagoinut uhkavaatimukseen, liitto poisti huhtikuussa PAT:n sivuston liiton levytilasta. Tässä vaiheessa yhdistyksen nimi ja muut yhteystiedot jäivät vielä liiton kotisivulle. PAT avasi myöhemmin samana vuonna kotisivunsa osoitteessa www.ateistit.fi. Liitto siis riisti PAT:lta yhden liiton palveluista, mahdollisuuden pitää maksutta kotisivua liiton levytilassa.

Talvella 2006 liitto lähetti taas PAT:lle sensuurivaatimuksiaan. Tästä uutisoitiin hiljan kotisivulla (http://www.ateistit.fi/uutiset/uuti87.html). PAT ei reagoinut vaatimukseen, ja liitto poisti maininnan PAT:sta kaikkine yhteystietoineen kokonaan liiton jäsenyhdistysten luettelosta, jäsenyhdistysten maantieteellistä sijaintia koskevalta sivulta sekä liittymislomakesivulta. Liittymislomakesivulla on mahdollista valita jäsenyhdistys, johon haluaa pyrkiä jäseneksi, täyttää lomake ja lähettää lomake liitolle. Toimellaan liitto riisti PAT:lta taas yhden liiton palveluista, mahdollisuuden saada uusia jäsenhakemuksia tätä kautta. Toiminta on yhdistyslain vastaista. Jäsenyhdistyksiä ei saa suosia eikä syrjiä, vaan niitä tulee kohdella yhdenvertaisesti. Yhdistyslain ja liiton sääntöjen vastaista toimintaa havaitaan aika ajoin liitossa.

Luoteis-Lapin vapaa-ajattelijat ry hyväksyttiin 6.11.2005 liiton jäsenyhdistykseksi 1.1.2006 alkaen. Liitto ei ole lisännyt tätäkään yhdistystä jäsenyhdistystensä luetteloon eikä mitään sen yhteystietoja.

Liiton kotisivua hoitaa jyväskyläläinen liittohallituksen varajäsen Marko Koivuniemi.

Kimmo Sundström