Liiton liittohallituksen kokouksessa 6.11.2005 tehtiin päätöksiä siitä mitkä liiton jäsenyhdistyksistä katsotaan liitosta eronneiksi ja keiden jäsenyhdistysten jäsenyys vahvistetaan. Lisäksi liiton uudeksi jäsenyhdistykseksi hyväksyttiin Luoteis-Lapin vapaa-ajattelijat ry 1.1.2006 lukien. Tämän 30.10.1996 perustetun yhdistyksen kotipaikka on Kolari ja se merkittiin yhdistysrekisteriin 28.5.1997. Liiton jäsenyyttä se haki vuonna 2005.

Liittohallituksen päätöksistä tiedotti 11.11.2005 liiton pääsihteeri Jori Mäntysalo. Hän kirjoitti, että jäsenyhdistykset olisi erotettu liitosta. Tämä on virheellinen tieto. Liittohallituksen pöytäkirja toteaa: "Kaikki muut yhdistykset jotka ovat olleet jäseniä, katsotaan eronneiksi liittomaksujen maksamatta jättämisen vuoksi." Järjestö- ja toimistosihteeri Janne Vainion asiasta kirjoittama selostus liiton kotisivun Hallituksen toiminta -osassa on luotettavaa tietoa. - Vainio saikin potkut liitosta 5.1.2006.

Liittohallitus totesi, että liiton jäseniksi jäi 27 yhdistystä. Kun Luoteis-Lapin vapaa-ajattelijat ry:n jäsenyys astui voimaan 1.1.2006, jäsenyhdistyksiä on nyt 28. Vuoden 1999 liittokokouksen jälkeen perustettiin uuden puheenjohtaja Erkki Hartikaisen, toimiston- ja taloudenhoitaja Kimmo Sundströmin, toimisto- ja järjestösihteeri Janne Vainion ja Jari Hakkaraisen sekä paikallisten toimijoiden yhteistyönä Pääkaupunkiseudun vapaa-ajattelijat ry, Pohjois-Savon vapaa-ajattelijat ry, Satakunnan vapaa-ajattelijat ry ja Savonlinnan seudun ajattelijat. Näistä kolme ensimmäistä hakeutui liiton jäseniksi. Kun Hartikainen, Sundström ja Vainio kaikki karkotettiin liiton luottamus- ja työtehtävistä, myös uusien, liiton jäseniksi tulevien yhdistysten perustaminen lakkasi.

Hartikaisen, Sundströmin, Vainion ja muiden laillisuussiipeä edustaneiden vastustajat eivät omasta puolestaan ole vuoden 1999 liittokokouksen jälkeen perustaneet ainoatakaan uutta yhdistystä. Mutta eivät he onnistuneet uusien yhdistysten perustamisessa sitä ennenkään. Edettäessä ajassa taaksepäin 1990-lukua, havaitaan edellä mainitun Luoteis-Lapin vapaa-ajattelijoiden perustaminen 30.10.1996. Sen paikalliset puuhahenkilöt perustivat omin avuin. Laillisuussiipeä vastustanut ryhmittymä ei syntymästään lähtien, yli kymmenen vuoden aikana, ole ollut perustamassa yhtään uutta liiton jäsenyhdistystä. Tämä on aika hämmästyttävää, sillä heillä on koko ajan ollut vankka asema liiton johdossa. Hallituksessakin tämä ryhmä sai enemmistön vuoden 2003 alusta lukien, kun Tauno Lehtonen loikkasi pois laillisuussiivestä.

Liiton jäseniksi on voitu sääntöjen mukaan ottaa rekisteröityjä yhdistyksiä. Joskus yhdistys on hyväksytty jäseneksi, kun sen perusilmoitus oli jätetty yhdistysrekisterille, mutta ilmoitusta ei vielä ollut käsitelty siellä. Toiseksi liiton piirissä on toiminut useampia rekisteröimättömiä yhdistyksiä. Hallitus ei ole kertonut oliko nämä yhdistykset hyväksytty jäseniksi vastoin edellä mainittua sääntömääräystä. Nämä yhdistykset eivät olleet perustamisensa jälkeen lainkaan lähettäneet perusilmoitusta yhdistysrekisterille tai niiden ilmoitus oli jostakin syystä palautettu ja asia oli sitten jäänyt sillensä. Tällaisia yhdistyksiä ovat olleet ainakin

1. ALAVUDEN SEUDUN VAPAA-AJATTELIJAT (perustettu 10.10.1978; maksanut liittomaksuja viimeksi vuonna 1980);
2. RAAHEN ALUEEN VAPAA-AJATTELIJAT (perustettu 20.5.1979); ja
3. SUONENJOEN VAPAA-AJATTELIJAT (ilmoituspäivä yhdistysrekisteriin 26.11.1980; maksanut liittomaksuja viimeksi vuonna 1981).

6.11.2005 kaikki tapaukset katsottiin eronneiksi maksamattomien liittomaksujen takia. Nämä yhdistykset eivät myöskään olleet toimineet vuosikausiin. Eronneiksi katsottiin

1. ESPOON VAPAA-AJATTELIJAT RY, perustettu 12.9.1984
2. HEINOLAN VAPAA-AJATTELIJAT RY, perustettu 18.3.1951
3. HYVINKÄÄN SEUDUN VAPAA-AJATTELIJAT RY, entinen nimi HYVINKÄÄN SEUDUN SIVIILIREKISTERIYHDISTYS RY, perustettu 13.3.1938
4. JAKOBSTADS FRITÄNKARE-PIETARSAAREN VAPAA-AJATTELIJAT RY, perustettu 6.9.1982
5. KYMIN VAPAA-AJATTELIJAIN YHDISTYS RY, perustettu 3.3.1946
6. VEITSILUODON VAPAA-AJATTELIJAT RY, perustettu 1.9.1953
7. YKSPIHLAJAN VAPAA-AJATTELIJAIN YHDISTYS RY, perustettu 19.3.1950
8. ÄÄNEKOSKEN-SUOLAHDEN VAPAA-AJATTELIJAT RY, perustettu 7.6.1981.

Liittohallituksen päätös on kirjattu näin: "Päätettiin, että liiton jäsenyhdistykset ovat seuraavan 27 yhdistystä. Kaikki muut yhdistykset jotka ovat olleet jäseniä, katsotaan eronneiksi liittomaksujen maksamatta jättämisen vuoksi." Muotoilu johtuu siitä, ettei nykyinen liittohallitus ole täysin selvillä siitä mitä yhdistyksiä liittoon on aiemmin hyväksytty jäseniksi. Yhdistyslain mukaan "Yhdistyksen jäsenistä on hallituksen pidettävä luetteloa.". Tältä osin Vapaa-ajattelijain liiton hallitus oli hoitanut huonosti lakimääräisen velvollisuutensa. Sellaisia, vielä yhdistysrekisterissä olevia jäsenyhdistyksiä, jotka liittohallitus oli unohtanut, ei ole mainittu edellä lueteltujen yhdistysten joukossa. Jäseninä on ollut myös sellaisia yhdistyksiä, jotka ovat myöhemmin purkautuneet. Niitä ei enää tarvinnutkaan erikseen katsoa eronneiksi.

Liiton jäsenyhdistyksiä ovat 1.1.2006

1. FORSSAN VAPAA-AJATTELIJAT RY
2. HELSINGIN VAPAA-AJATTELIJAT RY
3. HELSINGIN YLIOPISTON VAPAA-AJATTEIJAYHDISTYS PROMETHEUS RY
4. JOENSUUN SEUDUN VAPAA-AJATTELIJAT RY
5. JÄRVENPÄÄN VAPAA-AJATTELIJAT RY
   
   
6. KAINUUN VAPAA-AJATTELIJAT RY
7. KARKKILAN VAPAA-AJATTELIJAT RY
8. KEMIN VAPAA-AJATTELIJAT RY
9. KESKI-SUOMEN VAPAA-AJATTELIJAT RY
10. KOTKAN VAPAA-AJATTELIJAT RY
    
    
11. LAHDEN VAPAA-AJATTELIJAT RY
12. LAPPEENRANNAN JA -YMPÄRISTÖN VAPAA-AJATTELIJAT RY
13. LOHJAN SEUDUN VAPAA-AJATTELIJAT RY
14. LUOTEIS-LAPIN VAPAA-AJATTELIJAT RY
15. NOKIAN VAPAA-AJATTELIJAT RY
    
    
16. OULUN SEUDUN VAPAA-AJATTELIJAT RY
17. POHJOIS-KYMEN VAPAA-AJATTELIJAT RY
18. POHJOIS-SAVON VAPAA-AJATTELIJAT RY
19. PORVOON SEUDUN VAPAA-AJATTELIJAT - BORGÅNEJDENS FRITÄNKARE RY
20. PÄÄKAUPUNKISEUDUN ATEISTIT RY
    
    
21. RAISION VAPAA-AJATTELIJAT RY
22. SATAKUNNAN VAPAA-AJATTELIJAT RY
23. SEINÄJOEN VAPAA-AJATTELIJAT RY
24. TAMPEREEN VAPAA-AJATTELIJAT RY
25. TURUN VAPAA-AJATTELIJAT RY
    
    
26. VAASAN VAPAA-AJATTELIJAT RY
27. VAPAA-AJATTELIJAIN LIITON VUOKSENLAAKSON YHDISTYS RY
28. VARKAUDEN VAPAA-AJATTELIJAT RY

Kimmo Sundström