Vuonna 2020 Vapaa-ajattelijain liiton jäsenyhdistysten määrä pysyi ennallaan (20). Liitosta ei erotettu yhtään yhdistystä eikä mikään yhdistys myöskään eronnut liitosta oma-alotteisesti. 

Uusia yhdistyksiä liittoon ei ole liittynyt yli kymmeneen vuoteen. Liiton kasvu on pysähtynyt. Tuorein liiton uusi jäsenyhdistys on Rovaniemen Vapaa-ajattelijat ry (201232). Se perustettiin 16.11.2006, hyväksyttiin vastoin liiton sääntöjä rekisteröimättömänä liiton jäseneksi 4.4.2009 ja rekisteröitiin 25.6.2009 (Vapaa-ajattelijain liittoon liittyneet ja siitä poistuneet jäsenyhdistykset vuodesta 2000 lukien (18.5.2014)). 

Uskonnottomien järjestötoiminta ei enää ohjaudu vain Vapaa-ajattejain liittoon. Vanhin ateistiyhdistys, Suomen Ateistiyhdistys r.y. (143397; perustettu 16.5.1985) ei ole koskaan hakenut Vapaa-ajattelijain liiton jäseneksi. Jotkut ateistiyhdistykset kuten Länsi-Uudenmaan ateistit ry (125867; perustettu 14.12.1976), Helsingin yliopiston vapaa-ajattelijayhdistys Prometheus r.y. (145882; perustettu 16.1.1986) ja Pääkaupunkiseudun ateistit ry (178166; perustettu 23.9.1999) on erotettu liitosta. Kaksi ensimmäistä katsovat erottamisen mitättömäksi. 

Näitä nuorempi uskonnottomien yhdistys on Uskonnottomat Suomessa ry (212952; perustettu 11.6.2014). Se ei ole hakenut Vapaa-ajattelijain liiton jäseneksi. 

Lappeenrannan ja ympäristön Vapaa-ajattelijat r.y.:n (69146) uusi nimi, Etelä-Karjalan Vapaa-ajattelijat ry, rekisteröitiin 18.3.2019.

Kimmo Sundström