Vapaa-ajattelijain liitto ry:n jäsenmäärä vuoden 2015 lopussa oli 1.540. 31.12.2016 jäsenyhdistysten yhteenlaskettu henkilöjäsenmäärä (muita jäseniä ei ole) oli 1.494 (vähennys -3,0 %). Mukaan laskettiin myös ne liittomaksut (14 kpl), jotka Nokian Vapaa-ajattelijat ry (NOVA) keräsi ja tilitti liitolle 1.1.-28.3.2017 välisenä aikana liiton sääntöjen sallimalla tavalla sekä vielä ne liittomaksut (2 kpl), jotka se tilittää myöhemmin. Näin NOVAkin saa oikeuden lähettää yhden edustajansa kesäkuussa pidettävään liittokokoukseen. 

Jäsenmäärä laski siitä huolimatta, että vuosi 2016 oli liittokokousvuotta edeltävä vuosi, jolloin jäsenyhdistykset koettavat kerätä maksut ja tilittää liittomaksut huolellisemmin kuin muina vuosina. Oikeus lähettää edustajia määräytyy 31.3.2017 mennessä tilitettyjen liittomaksujen perusteella. 

Liiton johto on vuosia tavoitellut jäsenmäärän kasvua, mutta epäonnistunut. Tämä on taas yksi syy lisää vaatia liiton johdon vaihtamista Oulun liittokokouksessa kesäkuussa. 

Vuosi 2016 on neljäs perättäinen vuosi, jolloin jäsenmäärä vähenee. Mittari on niin selvä, että jopa kirkolliset vajaa-ajattelijoiden kaverit ovat laskun havainneet ja muistuttelevat siitä aika ajoin. 

Alla olevassa taulukossa esitetään jäsenmäärät jäsenyhdistyksittäin vuosina 2014-2016. Äärimmäisenä oikealla oleva sarake kertoo yhdistysten oikeuden lähettää liittokokousedustajia tulevaan liittokokoukseen. Luettelossa on vielä Porvoon seudun vapaa-ajattelijat – Borgånejdens fritänkare ry ja Varkauden Vapaa-ajattelijat ry, koska ne katsottiin eronneiksi liitosta vasta 21.1.2017 (ks. tarkemmin Kaksi jäsenyhdistystä katsottiin eronneiksi Vapaa-ajattelijain liitosta (24.2.2017)). 

Jäsenyhdistyksiä on nyt 23. Se tuntuu aika suurelta määrältä, mutta joukossa on useita yhdistyksiä, joiden käytännön toiminta on lähellä nollaa. Liitto ei ole keksinyt keinoja näiden auttamiseksi. On mahdollista, että jäsenyhdistysten määrä laskee myös tulevaisuudessa. Mediaanijäsenmäärä (keskimmäinen luku) nykyisten yhdistysten osalta on 38.