Vapaa-ajattelijain liitto ry:n jäsenyhdistysten määrä väheni 27:stä 26:een vuonna 2013 Karkkilan Vapaa-ajattelijat ry:n (KAVA) erottua liitosta. Uusia jäseniä liittoon ei ole liittynyt vuoden 2009 jälkeen. Tällöin Rovaniemen Vapaa-ajattelijat hyväksyttiin liiton jäsenyhdistykseksi 4.4.2009, vaikka yhdistys rekisteröitiin vasta 25.6.2009. 

Vaasan Vapaa-ajattelijat ry katsottiin eronneeksi liitosta 25.1.2014. 

Vuosi 2013 oli liittokokousta edeltävä vuosi. Kesäkuun 2014 liittokokousta koskeva edustajien lähettämisoikeus määräytyy viime vuodelta tilitettyjen liittomaksujen perusteella. Tavanomaisesti jäsenyhdistykset tilittävät liittokokousta edeltävinä vuosina huolellisemmin liittomaksuja kuin muina vuosina. Tämä ilmiö havaitaan taas joidenkin yhdistysten osalta. Vertailua onkin tehtävä paitsi vuoteen 2012 nähden myös vuoteen 2010 nähden. 

Jäsenmäärä laski 20 prosenttia kolmessa vuodessa 

Vuonna 2013 jäsenmäärä laski 238 jäsenellä (13,1 %) verrattuna vuoteen 2012 ja 406 jäsenellä (20,5 %) vuoteen 2010 verrattuna. Jäsenyhdistysten jäsenten yhteismäärä oli 1 577. 

Pääosan laskusta selittää KAVA:n jäsenistön poistuminen liiton jäsenistöstä. Vuonna 2012 yhdistys oli tilittänyt liittomaksut 252 jäseneltä. 

Vuoden vaihteessa 31.12.2013 liittoon kuului 26 jäsenyhdistystä. Vuoteen 2012 verrattuna näistä 9 kasvatti jäsenmääräänsä, 13 kärsi jäsenkatoa ja 4:n jäsenmäärä pysyi ennallaan. Vuoteen 2010 verrattuna kasvajia oli 6, kuihtujia 17 ja 3 yhdistyksen jäsenmäärä pysyi paikallaan. 

Helsingin Vapaa-ajattelijat suurin jäsenyhdistys 

Jäsenyhdistysten koko vaihtelee paljon. Ylivoimaisesti suurin yhdistys on Helsingin Vapaa-ajattelijat ry (HVA; 437 jäsentä). Sen jäsenmäärä on pysytellyt neljänsadan yläpuolella. KAVA:n poistuttua jäsenistöstä, toiseksi suurimmaksi jäsenyhdistykseksi nousi Tampereen vapaa-ajattelijat ry (204). Kolmanneksi suurin on Kotkan Vapaa-ajattelijat ry (192). 

Pienimpiä jäsenyhdistyksiä vuoden vaihteessa olivat Vaasan Vapaa-ajattelijat ry (0), Varkauden Vapaa-ajattelijat ry (0), Helsingin yliopiston vapaa-ajattelijayhdistys Prometheus ry (3) ja Vapaa-ajattelijain liitton Vuoksenlaakson yhdistys ry (9). 

Kolmentoista jäsenyhdistyksen jäsenmäärä vaihteli välillä 0-23 ja kolmentoista jäsenmäärä ylitti 23 jäsentä. Sadan jäsenen rajan ylittää vain kolme yhdistystä. 

Todellisuudessa jäsenten määrä on hieman suurempi, koska kaikki yhdistykset eivät tilitä kaikkien maksavien jäsentensä osalta liittomaksuja liitolle. Liitto vaatii tilityksiä säännöissäkin, mutta jäsenyhdistykset ovat vanhaan tapaan luottaneet enemmän omaan rahankäyttöönsä. Ero tilitettyjen liittomaksujen perusteella lasketun jäsenmäärän ja todellisen jäsenmäärän välillä on kuitenkin pieni. 

Edustajien lähettämisoikeus 0-7 edustajaa 

Takavuosien sääntöuudistukset tehtiin vallankeskityksen näkökulmasta. Valta keskitettiin muutamalle suurimmalle yhdistykselle. KAVA:kin kuului keskittäjiin ja sillä oli vielä Lahden liittokokouksessa 2011 kuuden edustajan valtuuskunta. Keskitys ei ollut muiden suurten yhdistysten mielestä vielä riittävä. Syrjäyttämisensä johdosta KAVA erosi liitosta 2013. Asiaan vaikutti myös KAVA:n heikot edustajat liiton hallinnossa. He osallistuivat liiton hajottamiseen. Työnsä tehtyään he havaitsivat, ettei sekään auttanut, vaan heidät syrjäytettiin kokonaan liiton hallinnosta vuoden 2011 liittokokouksessa. 

Edustajien lähettämisoikeus muodostuu s.e. alkavaa 50 jäsentä kohti saa lisäedustajan, ei kuitenkaan enempää kuin seitsemän edustajaa. Sääntöjä räätälöitiin suurten yhdistysten maun mukaiseksi s.e. leikkuri ei koske muita kuin HVA:ta. Siltä leikkuri leikkaa kaksi edustajaa pois. Liittohallitus halusi takavuosina riistää ainoan edustajan lähettämisoikeuden niiltä pienimmiltä jäsenyhdistyksiltä, jotka olivat kuitenkin tilittäneet liittomaksuja. Nyt hallitus lienee luopunut tästä tavoitteestaan. Oppositio piti hanketta yhdistyslain vastaisena. Uusi erikoistapaus on nyt Varkauden Vapaa-ajattelijat ry. Se ei halunnut tilittää ainoatakaan liittomaksua vuodelta 2013 tietäen, että tällä tavalla edustusoikeutta ei synny laisinkaan. Vuonna 2012 Varkauden yhdistys tilitti liittomaksut kuudelta jäseneltään. 

Liittokokoukseen enintään 43 edustajaa 

Yhteensä jäsenyhdistyksillä on oikeus lähettää 43 äänivaltaista edustajaa, kun vuonna 2011 lukumäärä oli 54. Tämä järkevöittää aivan liian suureksi paisutettua edustajamäärää.