Vapaa-ajattelijain liitto ry:n jäsenyhdistysten määrä polki paikoillaan (27) vuonna 2012. Vuoden 2009 jälkeen liittoon ei ole liittynyt uusia yhdistyksiä. 

Vuonna 2011 jäsenyhdistysten henkilöjäsenten määrä laski 181 jäsenellä (9,1 %) ja oli 1 802. Vuonna 2012 henkilöjäsenten määrä oli 1 815 eli kasvua 0,72 prosenttia. 

Liiton toiminta on laskusuunnassa eikä innosta uusia jäseniä liittymään vapaa-ajattelijayhdistyksiin. Liitto ei myöskään lanseerannut minkäänlaisia kampanjoita jäsenmäärän kasvattamiseksi. Liiton puheenjohtaja Petri Karisman mielestä jäsenmäärän kasvattaminen ei ole tavoitteiden tärkeysjärjestyksen kärjessä. 

Karkkilan Vapaa-ajattelijat tilitti reilusti 

Jäsenmäärän hienoiseen kasvuun vaikutti se, että Karkkilan Vapaa-ajattelijat ry (KAVA) tilitti 10 euron suuruisen liittomaksun myös ns. B-jäseniltään toisin kuin vuonna 2011. Näitä jäseniä oli noin 50. 

Jäsentilasto yhdistyksittäin perustuu liitolle 31.12. mennessä tilitettyihin liittomaksuihin. Jäsenyhdistysten kokonaisjäsenmäärät ovat yleensä hieman korkeampia, sillä joissakin jäsenyhdistyksissä on jäsenluokka, johon kuuluvien osalta liittomaksuja ei tilitetä. (Vrt. liiton sääntöjen 6 §, 1. mom.: "Yhdistykset tilittävät jokaiselta jäseneltään saman liittomaksun.".) 

Myös ainakin Kotkan Vapaa-ajattelijat ry:ssä (KOVA) 80 vuotta täyttäneet jäsenet voivat päästä vapaajäseniksi. Näiltä ei peritä jäsenmaksua eikä KOVA tilitä heidän osaltaan liittomaksua liitolle. Mitään vapaajäsenten luokkaa KOVA:n säännöissä ei ole. Päätös tai menettely vapaajäsenoikeuksien antamisesta ei siis perustu sääntöihin ja lienee mitätön perustein, että se olennaisesti loukkaa jäsenten yhdenvertaisuutta.  Vapaajäseniä on noin 50 eli 20 prosenttia koko jäsenistöstä. Jäsenistö on muutenkin iäkästä.

Vuonna 2012 KOVA tilitti liitolle liittomaksun 198 jäseneltä. Näistä yksi todettiin kuitenkin vapaajäseneksi, jonka osalta liiton tulee palauttaa KOVA:lle yksi liittomaksu. Oikea jäsenmäärä on 197. Alla olevaa tilastoa on oikaistu tämän mukaisesti. 

Helsingin Vapaa-ajattelijat edelleen suurin jäsenyhdistys 

Helsingin Vapaa-ajattelijat ry:n (HVA) jäsenkato jatkuu. Vuonna 2011 yhdistys menetti 52 jäsentään ja vuonna 2012 27 jäsentä lisää. Se on kuitenkin ylivoimaisesti liiton suurin jäsenyhdistys 419 jäsenellään. 

KAVA ponnisti nyt toiseksi suurimmaksi yhdistykseksi (252 jäsentä) ohi KOVA:n (vrt. edellä). Kolmantena on KOVA, 197 jäsentä, ja neljäntenä Tampereen vapaa-ajattelijat ry (TAVA), 194 jäsentä. Myös Turun Vapaa-ajattelijat ry:n (TUVA) jäsenmäärä pysytteli yli sadan (102), kun loppujen 22 yhdistyksen jäsenmäärä jää alle sadan. 

Jäsenmääräänsä kasvatti 10 yhdistystä, jäsenkatoa kärsi 10 yhdistystä ja 7 yhdistyksen jäsenmäärä säilyi ennallaan. 

Liitto ei ole vielä tiedottanut mitään vuoden 2012 jäsenkehityksestään.