Yhdistyksen perustava kokous pidettiin Helsingin Työväenyhdistyksen (HTY) talolla, Siltasaaressa, maanantaina 2.3.1936 alkaen kello 19. Puhetta johti kaupunginvirkailija Tyyne Leivo, läsnä oli noin 170 henkilöä. Yhdistys sai nimen Siviilirekisteriin kuuluvien yhdistys (27320) ja se rekisteröitiin 22.8.1936. Uusi nimi, Helsingin Vapaa-ajattelijat ry (45349), rekisteröitiin 22.4.1947.

Puheenjohtajat

1. Emil Fritiof Rautela, 2.3.1936-16.11.1938?
2. Vilho Suonio Setälä, 16.11.1938?–31.3.1939.
3. Gustaf Ludvig Kulo, 31.3.1939-23.1.1946.
4. Veikko Johannes Huuskonen, 23.1.1946-26.1.1954.
5. Viljo Herman Suutari, 26.1.1954-27.1.1957.
6. Arvo Jalmari Lindstedt, 27.1.1957-4.3.1962.
7. Väinö Kustaa Muuri, 4.3.1962-17.3.1963.
8. Karl Georg Koskelin, 17.3.1963-18.2.1968.
9. Paul Josef Koponen, 18.2.1968-12.2.1974.
10. Martti Juhani Pösö, 12.2.1974-11.3.1981.

11. Jouni Reima Juhani Kokkonen, 11.3.1981-18.3.1982.
12. Teuvo Johannes Pykönen, 18.3.1982-22.2.1984.
13. Arto Allan Tiukkanen, 22.2.1984-20.2.1986.
14. Leila Hyvönen, 20.2.1986-18.3.1987.
15. Lasse Pellervo Sirén, 18.3.1987-27.3.1990.
16. Reijo Antero Lehtinen, 27.3.1990-14.3.1992.
17. Leena Marjatta Orvokki Taina, 14.3.1992-11.2.1993.
18. Juha Pekka Artturi Kukkonen, 11.2.1993-14.12.2008.
19. Jussi Kalevi Niemelä, 14.12.2008-12.12.2010.
20. Tarja Sari Tuulikki Koivumäki, 12.12.2010-11.12.2011.

21. Ilkka Vuorikuru 11.12.2011-

Kymmenen ensimmäistä puheenjohtajaa ovat jo kuolleet, samoin myöhemmistä Sirén, Lehtinen ja Taina.

* * *

Rautela valittiin puheenjohtajaksi vielä yhdistyksen vuosikokouksessa 30.3.1938, jolloin Setälä valittiin johtokunnan jäseneksi saaden vaalissa suurimman äänimäärän (73 ääntä) (Arto Tiukkanen (1998) Vapaa-ajattelu Helsingissä. Helsingin Vapaa-ajattelijat ry 1936-1996, s. 194). Tiukkasen teoksesta ei käy ilmi, milloin Setälän lyhyt puheenjohtajakausi alkoi - jos hänet oikeasti valittiin puheenjohtajaksi.

Ennen vuosikokousta 31.3.1939 johtokunta kokoontui Setälän tiloissa, viittaus siihen, että Setälä joka tapauksessa johti johtokunnan kokouksia ainakin toimintakauden loppuaikoina. 31.3.1939 valitun uuden johtokunnan kokoukset siirtyivät Kirjan talolle (mts. 195), Kirjatyöntekijänkatu 10 B. Tiukkasen mukaan uuden johtokunnan ensimmäisessä kokouksessa 8.4.1939 "valittiin varapuheenjohtajaksi vielä uudelleen Vilho Setälä". Hänet oli vuosikokouksessa 31.3.1939 valittu johtokunnan varajäseneksi. Tämä vihjaisi siihen, että Setälä oli edellisenä kautena ollut varapuheenjohtaja tai ainakin siihen, että hänet oli johtokunnan järjestäytymiskokouksessa (nähtävästi 4.5.1938) valittu varapuheenjohtajaksi. Uudeksi puheenjohtajaksi 31.3.1939 pidetty vuosikokous valitsi Kulon.

Setälä esiintyy puheenjohtajana ensi kertaa Ajatuksen Vapaus -lehden numerossa 1/1939 (AJA 1939:1, 16). Hän esiintyy Siviilirekisteriin kuuluvien yhdistys ry:n puheenjohtajana vielä lehden numerossa 9/1939 (AJA 1939:9, 136), joka oli lehden viimeinen numero (mf B 19587, 3/3, HYK). Viimeinen numero ilmestyi syksyllä 1939. Mahdollisesti lehteen unohtui muuttaa uuden puheenjohtajan (Kulo) nimi.

Yhdistyksen sääntöjen 11 §:n mukaan vuosikokous pidettiin vuosittain maaliskuussa. Silloin valittiin puheenjohtaja, johtokunta, valtuuskunta sekä kaksi vakinaista ja kaksi varatilintarkastajaa. 12 §:n mukaan yhdistyksen yleisiä kokouksia pidettiin tarpeen vaatiessa johtokunnan kutsusta tai milloin 1/10 yhdistyksen jäsenistä sitä kirjallisesti anoi.

Tiukkanen mainitsee (s. 195) 16.11.1938 pidetyn yhdistyksen yleinen kokous. Tässä kokouksessa Setälä olisi voitu valita yhdistyksen puheenjohtajaksi, mutta Tiukkanen ei kerro sellaisesta mitään. Yhdistysrekisterissä olevista asiakirjoista ei selviä, oliko Setälä lyhyen aikaa yhdistyksen puheenjohtajana.

Vuonna 1939 Ajatuksen Vapaudessa ilmestyi vielä useita Rautelan kirjoituksia tai suomennoksia nimellä tai nimimerkillä: Voidaanko sotia välttää? (AJA 1939:1, 8-9; Monistin suomennos yhdysvaltalaisesta The Truth Seeker –lehdestä), Valtio ja kirkko (K. Rothenbücherin mukaan) (AJA 1939.2; Monistin suomennos). Myös lehden numeroissa 1939:3, 1939:4-5 ja 1939:8 oli Rautelan kirjoitus. Näin hän oli vielä hyvin aktiivinen vuonna 1939, vaikka Tiukkanen kirjoittaa, ettei Rautela "jaksanut enää jatkaa syksyllä 1938", mutta Setälä jaksoi (s. 31). Tämä jaksamisteema voisi viitata siihen, että puheenjohtajaksi tosiaan valittiin 16.11.1938 Setälä ja Rautela sai keskittyä kirjoittamiseen.

Uuden johtokunnan ensimmäinen kokous 8.4.1939 oli valinnut Setälän yhdistyksen varapuheenjohtajaksi. Hänet oli aiemmin 31.3.1939 vuosikokouksessa valittu johtokunnan varajäseneksi. Vuonna 1939 johtokunta piti 11 kokousta. Setälä valittiin johtokunnan kokouksessa 13.6.1940 jatkamaan varapuheenjohtajana. Sama toistui johtokunnan kokouksissa 10.4.1941, 26.5.1942 ja 4.4.1943 (s. 195-196). Vuoden 1944 varapuheenjohtajan valinnasta Tiukkanen ei nimenomaisesti kerro, vaikka vuosikokouksessa 26.4.1944 "edellisen vuoden johtokunta varajäsenineen valittiin uudelleen". Mikään ei viittaa siihen, että Setälän tilalle olisi valittu uusi varapuheenjohtaja. 7.5.1945 pidetyssä vuosikokouksessa Setälä ei enää tullut valituksi johtokunnan jäseneksi. Samoin 7.5.1945 uusi johtokunta valitsi "uudeksi varapuheenjohtajaksi" Veikko Huuskosen.

Ylivoimaisesti pitkäaikaisin puheenjohtaja on Kukkonen, kausi kesti melkein 16 vuotta. Toiseksi pitkäaikaisin puheenjohtaja on Huuskonen, jonka kausi kesti kahdeksan vuotta. Pitkäaikaisuus ei välttämättä ole hyväksi yhdistyksen toiminnan kannalta.

Naispuheenjohtajia on vain kolme. Kaikkien toimikausi kesti vain vuoden. Koska Helsingin Vapaa-ajattelijat on aina ollut melko riitaisa yhdistys ja myös monin tavoin sekaantunut Vapaa-ajattelijain liiton toimintaan, ei ole ihme, että naispuheenjohtajia on näin vähän. 

Kimmo Sundström