Kustannus Oy Vapaa Ajattelija Ab:n hallituksen varapuheenjohtaja ja yhtiön toimitusjohtaja, tamperelainen Petri Karisma ilmoitti eroavansa molemmista toimista 17.11.2006.  Karisma on myös yhtiön pääosakkaan, Vapaa-ajattelijain liitto ry:n hallituksen jäsen ja liiton tiedottaja. 

4.11.2006 pidetty yhtiökokous ei myöntänyt Karismalle, eikä muillekaan hallituksen jäsenille vastuuvapautta.  Hallituksen tehtävänä on kutsua koolle jatkokokous, jonka yhtiökokous päätti pitää 9.12.2006.

Yhtiön hallituksen puheenjohtaja erosi tehtävästään aiemmin, 20.10.2006.  Tuntemattomasta syystä yhtiön johto ei ole tämän jälkeen kutsunut yhtiökokouksessa valittuja varajäseniä hallitusta täydentämään.

Kimmo Sundström